A nível marinho ocorrem em conjunto espécies pertencentes às faunas mediterrânica, oeste-africana e norte-atlântica. Constituem exemplos os vários crustáceos e o caso também de uma espécie rara de polvos, conhecida há pouco tempo apenas na costa oeste-africana e nas Ilhas de Cabo Verde
Um aspecto especialmente importante em relação à avifauna é a nidificação nas falésias de espécies raras, como a cegonha branca, a garça branca e a águia de Bonelli. Outras espécies existentes, que raramente criam no litoral europeu, são a garça boieira, o peneireiro de dorso liso e a gralha de bico vermelho. Também o pombo da rocha só aqui apresenta, no conjunto do país, uma população que parece ser geneticamente pura, não se observando cruzamentos com pombos domésticos. Para a águia-pesqueira, a costa sudoeste representa um dos últimos refúgios da região mediterrânica.
   
A fauna do Parque Natural do Sudoeste Alentejano e Costa Vicentina é o único local do mundo onde a cegonha branca nidifica em arribas marítimas, tal como o único local do país onde existe uma colónia de lontras que utilizam o meio marinho para procurar alimento. Para além das espécies endémicas, o Parque Natural recebe igualmente um grande número de espécies de aves migradoras, sendo por isso um ponto de estudo de migrações de importância reconhecida internacionalmente.
Entre as ocorrências biologicamente mais interessantes, inclui-se a migração outonal de aves planadoras, que envolve vários milhares de aves de rapina, entre as quais se contam as águias-calçadas, as águias-cobreiras, os gaviões, os falcões-abelheiros, os grifos e os abutres do Egipto, por exemplo. Em toda a área do Parque foram identificadas cerca de 200 espécies de aves, entre as quais 26 utilizam as falésias como nicho para reprodução.
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