As lagoas de Santo André e da Sancha, situadas no litoral dos concelhos de Santiago do Cacém e de Sines, constituem um sistema lagunar costeiro de relevante importância biológica, incluindo interessantes aspectos ecológicos, ictiológicos, botânicos e, muito particularmente, ornitológicos. O complexo dunar envolvente desempenha um importante papel de protecção destas lagoas, suportando uma flora e vegetação característica que se apresenta em bom estado de conservação, incluindo espécies endémicas consideradas vulneráveis. A faixa marítima adjacente, além de um elevado valor ecológico, possui uma fragilidade e dinâmicas muito particulares, albergando comunidades faunísticas características, constituindo-se ainda como uma importante área de passagem de golfinhos e de aves.

A área em consideração, com um total de 5370 ha, estende-se ao longo de cerca de 15 km, desde o limite sul da povoação da lagoa de Santo André até ao limite norte da área ocupada pelo Complexo de Sines, abrangendo uma faixa terrestre de largura variável de 2 km a 3 km e uma faixa marítima de 1,5 km de largura. Os limites da área foram definidos tendo como base as zonas húmidas e áreas alagadas correspondentes, bem como as zonas adjacentes responsáveis pela manutenção das lagoas e "poços".
Actualmente, esta área encontra-se sujeita a múltiplos factores de pressão sobre o meio natural, sob a forma da emissão de efluentes, caça, pesca, turismo e construção, que impõem medidas de conservação adequadas.

A área em causa identifica-se com os pressupostos inerentes à classificação como reserva natural, previstos no artigo 6.º do Decreto-Lei n.º 19/93, de 23 de Janeiro, designadamente a protecção de habitats, da fauna e da flora, conduzindo à implementação de medidas que assegurem a manutenção das condições naturais indispensáveis à estabilidade ou à sobrevivência de espécies, grupos de espécies, comunidades bióticas ou aspectos físicos do ambiente que dependam da intervenção do homem para a sua continuidade.